In Berichten und Bildern des 15. Jahrhunderts erscheint die Rasse als Aufspürer von Dieben. Im Jahre 1513 kreierte Albrecht Dürer, der bedeutendste deutsche Maler und Kupferstecher der Renaissance, seinen Stich "Ritter, Tod und Teufel". Der darauf abgebildete Hund ähnelt dem Hovawart sehr. Jedoch behaupten manche, es handele sich hierbei eher um einen Jagdhund und weniger um einen Bauernhund vom Typ des Hovawarts, da der Hund als Begleiter eines Rittmeisters dargestellt ist. Solch "edle" Gemeinschaft war den Bauernhunden jedoch üblicherweise versagt" anders als ihre hochgeachteten, schon früh zu Rassen herausgezüchteten Kameraden wie Jagdbracken und Windspiele, die in hohen Ehren standen und sich an der Seite ihrer fürstlichen Herren sogar auf den Gemälden hochbezahlter Künstler wiederfinden, fristeten die Bauernhunde ein recht verachtetes Dasein.

Wilde Tiere, vor allem Wölfe, die diese Hunde früher so wacker bekämpft hatten, gab es in Deutschland seit Beginn des 19. Jahrhunderts immer weniger, und so wurde auch der Bedarf an diesen mutigen Wächtern immer geringer. Zu Beginn des 20. Jahrhunderts fanden sich auf den Höfen der Bauern nur noch wenige dieser Typhunde; auch den Herden wurden sie von leichteren, flinkeren und weniger kampffähigen Hütehunden abgelöst.

Da beschlossen einige Liebhaber, diese Hunde vor dem gänzlichen Vergessen zu bewahren. Erste Versuche zur Herauszüchtung des Hovawarts gehen auf die Jahre vor 1910 zurück. Um 1922 begann die eigentliche Reinzucht des Hovawarthundes. Um den großen Hofhund des Mittelalters neu zu schaffen, verwendeten engagierte Züchter ausgewählte Bauernhunde aus dem Schwarzwald, Odenwald und Harz - karge Gegenden mit abgelegenen Höfen, rauem Klima und einem idealen Betätigungsfeld für wetterfeste, robuste, zuverlässige Hofwächter. Die Typhunde kamen dem Idealbild relativ nahe. Man hoffte, dass sich der ursprüngliche Hovawart in diesen Hunden erhalten hatte. Diese wurden mit verschiedenen Rassehunden gekreuzt: dem Kuvacz, dem Neufundländer, dem Sennenhund und dem Leonberger. Von besonderer Bedeutung ist die Einmischung langzotthaariger "altdeutscher Schäferhunde", die einen Anteil von fast 25 % erreichten. Durch starke Selektionsmaßnahmen wurde der ursprüngliche Gebrauchshundetyp des Hovawart wieder erreicht. 1936 wurde der Hovawart als Rasse anerkannt, 1940 noch wurde als letzte Einkreuzung eine sehr wahrscheinlich windhundähnliche "afrikanische Wildhündin" der Blutmischung zugeführt. 1944 wurde der Genpool dann geschlossen, 1959 war die Rasse durchgezüchtet und 1964 wurde der Hovawart wegen seiner hervorragenden Arbeitseigenschaften als 7. Gebrauchshundrasse anerkannt. Bereits 1965 begann man mit der systematischen Bekämpfung der Hüftgelenksdysplasie (HD).